小曲原料通常为精白度不高的籼米或米糠,因为大米的糊粉层中蛋白质及灰分含量较高,糠层中的灰分更高,有利于酿酒有用菌的生长和产酶。有的小曲还使用一些中草药,其中含有丰富的生长素,可以补充原料中生长素的不足,以及促进根霉和酵母菌的生长,还能起到疏松作用和抑制杂菌繁殖的作用。